Les Organes de l’ONMB sont les Conseils régionaux de l’Ordre des médecins (CROM) et le Conseil national de l’Ordre des médecins (CNOMB). 
Le conseil national de l’Ordre des médecins est chargé de :
-    coordonner les actions des conseils régionaux de l’Ordre ;
-    élaborer et soumettre pour approbation au congrès de l’Ordre, le projet de code de déontologie des médecins ;
-    proposer à l’approbation du congrès de l’Ordre, les adaptations nécessaires du code de déontologie des médecins ;
-    donner de sa propre initiative ou à la demande de l’autorité publique, d’organismes publics ou d’organisations professionnelles, des avis motivés sur les questions de principe ou les règles de déontologie professionnelle ;
-    autoriser le président du conseil national à ester en justice au nom de l’Ordre ;
-    tenir à jour le tableau de l’Ordre et assurer sa publication ;
-    tenir à jour un répertoire de décisions disciplinaires ;
-    gérer les biens de l’Ordre ;
-    créer et subventionner en cas de besoin des œuvres intéressant la profession ainsi que les œuvres d’entraide ou de retraite au bénéfice des membres de l’Ordre ou de leurs ayants droit ;
-    rendre compte au congrès de l’Ordre de ses activités et de l’état de ses ressources ;
-    assister les membres de l’Ordre en cas de litiges opposant un membre à un tiers dans le cadre de la profession ;
-    contribuer à garantir l’exercice légal de la médecine au Burkina Faso.

Le conseil régional de l’Ordre est chargé de : 
-    veiller à l’exercice des attributions générales de l’Ordre national des médecins dans la région du ressort ;
-    statuer sur les inscriptions au tableau de l’Ordre ;
-    autoriser le président du Conseil régional à ester en justice ;
-    arbitrer de sa propre initiative ou à la demande de l’une ou des parties, les litiges entre confrères ou entre ceux-ci et les tiers ;
-    saisir les autorités compétentes des cas ou actes d’exercice illégal de la profession dont il a connaissance ;
-    répondre à toute demande d’avis des cours et tribunaux relatifs à des questions d’éthique ou de déontologie ;
-    donner aux membres de l’Ordre de sa propre initiative ou à leur demande des avis sur des questions de déontologie liées à la profession ;
-    rendre compte à ses instances de l’évolution des problèmes en suspens ou résolus par le conseil régional ou par les instances supérieures et dont il a connaissance ;
-    établir annuellement des rapports d’activités à l’attention du conseil national.